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核心提示：AI大分子制藥公司百奧幾何已完成千萬美元天使輪融資，投資方為高榕資本；另外，團(tuán)隊(duì)也發(fā)布了首個(gè)針對(duì)大分子藥物研發(fā)的開源機(jī)器
AI大分子制藥公司百奧幾何已完成千萬美元天使輪融資，投資方為高榕資本；另外，團(tuán)隊(duì)也發(fā)布了首個(gè)針對(duì)大分子藥物研發(fā)的開源機(jī)器學(xué)習(xí)平臺(tái)TorchProtein。
據(jù)介紹，百奧幾何成立于2021年，致力于開發(fā)幾何深度學(xué)習(xí)、深度生成模型等下一代人工智能技術(shù)，用于大分子藥物研發(fā)。目前，公司正打造人工智能大分子藥物設(shè)計(jì)和高通量大分子藥物濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證兩大基礎(chǔ)平臺(tái)，通過干濕實(shí)驗(yàn)閉環(huán)，快速完成候選藥物設(shè)計(jì)以及提高候選藥物在臨床階段的成功率。
百奧幾何創(chuàng)始人唐建博士畢業(yè)于北京大學(xué)信息科學(xué)學(xué)院，曾在微軟亞洲研究院擔(dān)任研究員以及在美國(guó)卡耐基梅隆以及密歇根大學(xué)進(jìn)行博士后研究，現(xiàn)為加拿大蒙特利爾大學(xué)算法研究所（Mila)的副教授、終身教授；另外，圖靈獎(jiǎng)獲得者、深度學(xué)習(xí)三巨頭之一、加拿大蒙特利爾大學(xué)教授Yoshua Bengio也將擔(dān)任公司的科學(xué)顧問。
唐建在圖表示學(xué)習(xí)領(lǐng)域做了很多開創(chuàng)性的工作，也是國(guó)際上最早把深度學(xué)習(xí)運(yùn)用于圖結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的少數(shù)幾名學(xué)者之一。 早在2018年，唐建在研究中意識(shí)到，圖表示學(xué)習(xí)最殺手級(jí)的應(yīng)用或?qū)⒄Q生在生物醫(yī)藥領(lǐng)域，“生命科學(xué)或生物醫(yī)藥領(lǐng)域有大量的圖結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，像每個(gè)分子都是原子跟原子之間的圖結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)則是氨基酸和氨基酸之間的圖結(jié)構(gòu)”。
據(jù)此，他帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)把圖表示學(xué)習(xí)和幾何深度學(xué)習(xí)技術(shù)運(yùn)用到藥物研發(fā)領(lǐng)域，在分子性質(zhì)預(yù)測(cè)、結(jié)構(gòu)性質(zhì)預(yù)測(cè)上，并開發(fā)了專門針對(duì)藥物研發(fā)的開源機(jī)器學(xué)習(xí)系統(tǒng)TorchDrug（主要針對(duì)小分子），旨在推進(jìn)人工智能在藥物發(fā)現(xiàn)方向的開源共享，加速整個(gè)藥物研發(fā)的進(jìn)展。
去年開始，團(tuán)隊(duì)開始重點(diǎn)開發(fā)針對(duì)大分子的藥物研發(fā)的開源系統(tǒng)。唐建認(rèn)為，雖然小分子領(lǐng)域目前發(fā)展更成熟，但大分子對(duì)AI而言是個(gè)更好的領(lǐng)域——大分子領(lǐng)域數(shù)據(jù)量大，而且現(xiàn)在有新的生物技術(shù)來帶動(dòng)AI的發(fā)展；另外在國(guó)際上，AI大分子藥領(lǐng)域已出現(xiàn)實(shí)際“deal”（有藥企買單），商業(yè)化能力得到初步驗(yàn)證，是切入的好時(shí)機(jī)。
“當(dāng)前我們正處在AI以及生物技術(shù)革命的交匯點(diǎn)。一方面，幾何深度學(xué)習(xí)技術(shù)（如AlphaFold2）在分子建模方面取得了巨大突破；另一方面，以合成生物學(xué)為代表的生物技術(shù)能夠?qū)蜻M(jìn)行快速讀、寫、以及編輯，給AI創(chuàng)造了大量的數(shù)據(jù)。兩種革命技術(shù)的深度融合為生物大分子設(shè)計(jì)帶來了巨大的機(jī)會(huì)。”
目前，百奧幾何已基本完成人工智能大分子藥物設(shè)計(jì)平臺(tái)建設(shè)，在抗體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、抗體優(yōu)化、抗體序列設(shè)計(jì)、酶活性預(yù)測(cè)等任務(wù)上取得了積極進(jìn)展；未來，公司希望打造一個(gè)通用的大分子設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以延伸應(yīng)用到基因治療、細(xì)胞治療等領(lǐng)域。
至于未來的商業(yè)化構(gòu)想，唐建表示，“我們的目的比較明確，不僅僅是提供AI服務(wù)，而是真正成長(zhǎng)為一個(gè)biotech”；另外，公司也會(huì)搭建生物大分子合成、表達(dá)提純以及驗(yàn)證平臺(tái)。據(jù)悉，公司構(gòu)想的高通量大分子藥物濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證平臺(tái)正聯(lián)合生物醫(yī)藥領(lǐng)域知名高校和實(shí)驗(yàn)室建設(shè)中，進(jìn)行前沿工作，希望通過干濕實(shí)驗(yàn)閉環(huán)，加速候選藥物設(shè)計(jì)進(jìn)程，以及提高候選藥物在臨床階段的成功率。
與此同時(shí)，團(tuán)隊(duì)也聯(lián)合英偉達(dá)、英特爾、IBM等公司聯(lián)合發(fā)布了首個(gè)針對(duì)大分子藥物研發(fā)的開源機(jī)器學(xué)習(xí)平臺(tái)TorchProtein。該平臺(tái)開源了深度學(xué)習(xí)對(duì)大分子建模的一個(gè)通用框架、基于蛋白質(zhì)三維幾何結(jié)構(gòu)的第一個(gè)預(yù)訓(xùn)練大模型、以及專門用于評(píng)價(jià)深度學(xué)習(xí)對(duì)蛋白質(zhì)建模效果的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集。
值得關(guān)注的是，近年來，基于AI開發(fā)大分子藥成為一個(gè)重要趨勢(shì)，其關(guān)鍵技術(shù)前提在于AI能預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與相互作用。2021年AlphaFold2的Transformer模型、端到端訓(xùn)練的引入使得這項(xiàng)任務(wù)的準(zhǔn)確性又上了一個(gè)高度，投資人普遍都在關(guān)注AI在大分子新藥發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域的進(jìn)展，就有華深智藥、分子之心、信華生物等代表性企業(yè)紛紛獲得大額融資。
唐建表示，在AI大分子賽道，大部分團(tuán)隊(duì)都是“分析氨基酸序列”的思路和技術(shù)路徑；百奧幾何主要是分析結(jié)構(gòu)——利用幾何深度學(xué)習(xí)或者是圖表的學(xué)習(xí)去分析結(jié)構(gòu)，來對(duì)蛋白質(zhì)或者抗體建模，“而這塊的技術(shù)相對(duì)來說還是比較難的，需要相應(yīng)的經(jīng)驗(yàn)積累”。
投資邏輯方面，高榕資本創(chuàng)始合伙人岳斌表示，“計(jì)算領(lǐng)域的突破，正在重構(gòu)藥物發(fā)現(xiàn)的過程。我們相信，人工智能可以幫助大分子藥物研發(fā)取得很大的進(jìn)展。唐建博士將圖表示學(xué)習(xí)和幾何深度學(xué)習(xí)技術(shù)運(yùn)用到藥物研發(fā)領(lǐng)域，做了非常多開創(chuàng)性的工作，也在抗體優(yōu)化、抗體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)任務(wù)上取得了國(guó)際領(lǐng)先的技術(shù)。期待百奧幾何通過下一代人工智能技術(shù)，加速藥物研發(fā)進(jìn)程，解決重大疾病挑戰(zhàn)。”
據(jù)介紹，百奧幾何成立于2021年，致力于開發(fā)幾何深度學(xué)習(xí)、深度生成模型等下一代人工智能技術(shù)，用于大分子藥物研發(fā)。目前，公司正打造人工智能大分子藥物設(shè)計(jì)和高通量大分子藥物濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證兩大基礎(chǔ)平臺(tái)，通過干濕實(shí)驗(yàn)閉環(huán)，快速完成候選藥物設(shè)計(jì)以及提高候選藥物在臨床階段的成功率。
百奧幾何創(chuàng)始人唐建博士畢業(yè)于北京大學(xué)信息科學(xué)學(xué)院，曾在微軟亞洲研究院擔(dān)任研究員以及在美國(guó)卡耐基梅隆以及密歇根大學(xué)進(jìn)行博士后研究，現(xiàn)為加拿大蒙特利爾大學(xué)算法研究所（Mila)的副教授、終身教授；另外，圖靈獎(jiǎng)獲得者、深度學(xué)習(xí)三巨頭之一、加拿大蒙特利爾大學(xué)教授Yoshua Bengio也將擔(dān)任公司的科學(xué)顧問。
唐建在圖表示學(xué)習(xí)領(lǐng)域做了很多開創(chuàng)性的工作，也是國(guó)際上最早把深度學(xué)習(xí)運(yùn)用于圖結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的少數(shù)幾名學(xué)者之一。 早在2018年，唐建在研究中意識(shí)到，圖表示學(xué)習(xí)最殺手級(jí)的應(yīng)用或?qū)⒄Q生在生物醫(yī)藥領(lǐng)域，“生命科學(xué)或生物醫(yī)藥領(lǐng)域有大量的圖結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，像每個(gè)分子都是原子跟原子之間的圖結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)則是氨基酸和氨基酸之間的圖結(jié)構(gòu)”。
據(jù)此，他帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)把圖表示學(xué)習(xí)和幾何深度學(xué)習(xí)技術(shù)運(yùn)用到藥物研發(fā)領(lǐng)域，在分子性質(zhì)預(yù)測(cè)、結(jié)構(gòu)性質(zhì)預(yù)測(cè)上，并開發(fā)了專門針對(duì)藥物研發(fā)的開源機(jī)器學(xué)習(xí)系統(tǒng)TorchDrug（主要針對(duì)小分子），旨在推進(jìn)人工智能在藥物發(fā)現(xiàn)方向的開源共享，加速整個(gè)藥物研發(fā)的進(jìn)展。
去年開始，團(tuán)隊(duì)開始重點(diǎn)開發(fā)針對(duì)大分子的藥物研發(fā)的開源系統(tǒng)。唐建認(rèn)為，雖然小分子領(lǐng)域目前發(fā)展更成熟，但大分子對(duì)AI而言是個(gè)更好的領(lǐng)域——大分子領(lǐng)域數(shù)據(jù)量大，而且現(xiàn)在有新的生物技術(shù)來帶動(dòng)AI的發(fā)展；另外在國(guó)際上，AI大分子藥領(lǐng)域已出現(xiàn)實(shí)際“deal”（有藥企買單），商業(yè)化能力得到初步驗(yàn)證，是切入的好時(shí)機(jī)。
“當(dāng)前我們正處在AI以及生物技術(shù)革命的交匯點(diǎn)。一方面，幾何深度學(xué)習(xí)技術(shù)（如AlphaFold2）在分子建模方面取得了巨大突破；另一方面，以合成生物學(xué)為代表的生物技術(shù)能夠?qū)蜻M(jìn)行快速讀、寫、以及編輯，給AI創(chuàng)造了大量的數(shù)據(jù)。兩種革命技術(shù)的深度融合為生物大分子設(shè)計(jì)帶來了巨大的機(jī)會(huì)。”
目前，百奧幾何已基本完成人工智能大分子藥物設(shè)計(jì)平臺(tái)建設(shè)，在抗體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、抗體優(yōu)化、抗體序列設(shè)計(jì)、酶活性預(yù)測(cè)等任務(wù)上取得了積極進(jìn)展；未來，公司希望打造一個(gè)通用的大分子設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以延伸應(yīng)用到基因治療、細(xì)胞治療等領(lǐng)域。
至于未來的商業(yè)化構(gòu)想，唐建表示，“我們的目的比較明確，不僅僅是提供AI服務(wù)，而是真正成長(zhǎng)為一個(gè)biotech”；另外，公司也會(huì)搭建生物大分子合成、表達(dá)提純以及驗(yàn)證平臺(tái)。據(jù)悉，公司構(gòu)想的高通量大分子藥物濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證平臺(tái)正聯(lián)合生物醫(yī)藥領(lǐng)域知名高校和實(shí)驗(yàn)室建設(shè)中，進(jìn)行前沿工作，希望通過干濕實(shí)驗(yàn)閉環(huán)，加速候選藥物設(shè)計(jì)進(jìn)程，以及提高候選藥物在臨床階段的成功率。
與此同時(shí)，團(tuán)隊(duì)也聯(lián)合英偉達(dá)、英特爾、IBM等公司聯(lián)合發(fā)布了首個(gè)針對(duì)大分子藥物研發(fā)的開源機(jī)器學(xué)習(xí)平臺(tái)TorchProtein。該平臺(tái)開源了深度學(xué)習(xí)對(duì)大分子建模的一個(gè)通用框架、基于蛋白質(zhì)三維幾何結(jié)構(gòu)的第一個(gè)預(yù)訓(xùn)練大模型、以及專門用于評(píng)價(jià)深度學(xué)習(xí)對(duì)蛋白質(zhì)建模效果的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集。
值得關(guān)注的是，近年來，基于AI開發(fā)大分子藥成為一個(gè)重要趨勢(shì)，其關(guān)鍵技術(shù)前提在于AI能預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與相互作用。2021年AlphaFold2的Transformer模型、端到端訓(xùn)練的引入使得這項(xiàng)任務(wù)的準(zhǔn)確性又上了一個(gè)高度，投資人普遍都在關(guān)注AI在大分子新藥發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域的進(jìn)展，就有華深智藥、分子之心、信華生物等代表性企業(yè)紛紛獲得大額融資。
唐建表示，在AI大分子賽道，大部分團(tuán)隊(duì)都是“分析氨基酸序列”的思路和技術(shù)路徑；百奧幾何主要是分析結(jié)構(gòu)——利用幾何深度學(xué)習(xí)或者是圖表的學(xué)習(xí)去分析結(jié)構(gòu)，來對(duì)蛋白質(zhì)或者抗體建模，“而這塊的技術(shù)相對(duì)來說還是比較難的，需要相應(yīng)的經(jīng)驗(yàn)積累”。
投資邏輯方面，高榕資本創(chuàng)始合伙人岳斌表示，“計(jì)算領(lǐng)域的突破，正在重構(gòu)藥物發(fā)現(xiàn)的過程。我們相信，人工智能可以幫助大分子藥物研發(fā)取得很大的進(jìn)展。唐建博士將圖表示學(xué)習(xí)和幾何深度學(xué)習(xí)技術(shù)運(yùn)用到藥物研發(fā)領(lǐng)域，做了非常多開創(chuàng)性的工作，也在抗體優(yōu)化、抗體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)任務(wù)上取得了國(guó)際領(lǐng)先的技術(shù)。期待百奧幾何通過下一代人工智能技術(shù)，加速藥物研發(fā)進(jìn)程，解決重大疾病挑戰(zhàn)。”
