不同的電網(wǎng)公司之間、同一家電網(wǎng)公司不同省級公司之間，在對國家新能源發(fā)展基金補貼的結(jié)算方式上有著不同的方式。

　　2006年可再生能源電價附加資金制度，征收標(biāo)準(zhǔn)為1厘錢/千瓦時，后來逐步提高，今年征收標(biāo)準(zhǔn)從8厘錢/千瓦時上調(diào)到1.5分/千瓦時。2009年審議通過的可再生能源法修正案草案，可再生能源電價附加并入國家可再生能源發(fā)展基金,。

　　《可再生能源發(fā)展基金征收使用管理暫行辦法》頒布實施后，電價附加的征收方式由原來電網(wǎng)企業(yè)的代收代管，改為由財政部定期向電網(wǎng)征收后上繳國庫。新能源企業(yè)所獲得的補貼被認(rèn)為是中央財政補貼。而在此之前，可再生能源補貼被認(rèn)為是新能源發(fā)電企業(yè)的應(yīng)繳納增值稅的收入。

　　稅務(wù)總局《關(guān)于中央財政補貼增值稅有關(guān)問題的公告》(國家稅務(wù)總局【2013】第3號公告)稱，“按照現(xiàn)行增值稅政策，納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應(yīng)稅收入，不征收增值稅。本公告自2013年2月1日起施行。此前已發(fā)生未處理的，按本公告規(guī)定執(zhí)行。”

　　納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應(yīng)稅收入其實《中華人民共和國增值稅暫行條例》已經(jīng)做出規(guī)定，國家稅務(wù)總局為什么又要在2013年重申呢?

　　國家稅務(wù)總局辦公廳解釋，近年來，為促進可再生能源的開發(fā)利用，支持新能源及高效節(jié)能等產(chǎn)品的推廣使用，國家出臺了多項中央財政補貼。對于中央財政補貼是否屬于應(yīng)稅收入，是否征收增值稅問題，基層稅務(wù)機關(guān)存在爭議，因此報來請示，請求我局予以明確。

　　國家稅務(wù)總局辦公廳認(rèn)為，為便于補貼發(fā)放部門實際操作，中央財政補貼有的直接支付給予銷售方，有的先補給購買方，再由購買方轉(zhuǎn)付給銷售方。無論采取何種方式，購買者實際支付的購買價格，均為原價格扣減中央財政補貼后的金額。根據(jù)現(xiàn)行增值稅暫行條例規(guī)定，銷售額為納稅人銷售貨物或者應(yīng)稅勞務(wù)向購買方收取的全部價款和價外費用。納稅人取得的中央財政補貼，其取得渠道是中央財政，因此不屬于增值稅應(yīng)稅收入，不征收增值稅。

　　《新疆國稅局關(guān)于中央財政補貼免征增值稅有關(guān)問題的通知》稱，要重點關(guān)注可再生能源發(fā)電企業(yè)(風(fēng)力發(fā)電、光伏發(fā)電、生物質(zhì)發(fā)電企業(yè))的政策執(zhí)行情況，保證國家稅務(wù)總局【2013】第3號公告落實到位。

　　該通知稱，《中華人民共和國增值稅暫行條例》規(guī)定，納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應(yīng)稅收入，不征收增值稅，也不得開具增值稅專用發(fā)票。

　　但記者了解到，大多數(shù)省份未像新疆國稅局一樣就國家稅務(wù)總局【2013】第3號公告下發(fā)通知，明確中央財政補貼免增值稅，發(fā)電企業(yè)為免稅對象。而發(fā)通知明確了這兩點的新疆地區(qū)，政策也沒有得到有效落實。按照金風(fēng)科技“目前正在跟各地的電網(wǎng)公司和國稅部門溝通，落實中央財政補貼資金免征增值稅的政策。”的說法，政策落實情況并不理想。